Les missions de l’AGID sont déterminées dans les Articles 2 et 3 ci-dessous de la loi N" 12-004/AU, relative à la création d'un Etablissement Public Administratif dénommé Administration Générale des Impôts et des Domaines (AGID) de l'Union des Comores, adoptée le 21juin 2012, par I ‘Assemblée de l’Union des Comores et promulguée le 2 Août 2012.
Article 2.- L'AGID est compétente, sur l'ensemble du territoire de l'Union des
Comores, en application des lois et règlements de l'Union des Comores et des Iles
Autonomes, pour tout ce qui concerne et dès lors qu’ils sont déterminés dans le Code Général des impôts :
- les impôts directs et taxes assimilées;
- les impôts indirects et taxes assimilées;
- les droits d'enregistrement, de timbre, de publicité foncière et taxes assimilées;
L'AGID est également compétente pour tout ce qui concerne:
- le domaine de l’Etat (Union des Comores et des îles);
- l'organisation foncière;
- le cadastre
- les curatelles, les biens vacants et sans maitre ou placés sous séquestre en conséquence d'une mesure de sûreté générale.
L'AGID est chargée, en particulier, de l'application des lois et règlements pris sur la base soit de la loi de l’Union des Comores, soit de la délibération des îles et relatifs à l’assiette, à la liquidation et au recouvrement des impôts, droits et taxes relevant de sa compétence.
Elle rend exécutoire et met en recouvrement, par toutes les voies de droit, l’ensemble des créances établies par ses services.
Elle est seule à pouvoir statuer en matière contentieuse et gracieuse dans tous les domaines relevant de sa compétence, et ce dans la limite des dispositions du CodeGénéral des Impôts.
Article 3.- L'AGID exerce pour le compte de l'Union et des gouvernorats tous les attributs de la puissance publique nécessaires à la mise en œuvre de la politique fiscale intérieure dont la définition reste sous la responsabilité de l'Union et des Iles.